O objetivo deste estudo foi caracterizar aspectos epidemiológicos e tendência temporal da hanseníase, no município de Fortaleza, Ceará, de 2001 a 2012. Foram registrados 9.658 casos novos cuja tendência foi analisada pelo modelo de regressão do joinpoint. O coeficiente de detecção geral apresentou tendência decrescente, com annual percent change (APC) de -4,0 e intervalo de confiança de 95% (IC95%) -5,6 – -2,3. O coeficiente de detecção em menores de 15 anos de idade (APC = -1,4; IC95% -5,4 – 2,8) e o coeficiente de detecção de grau 2 de incapacidade (APC = -0,8; IC95% -4,5 – 3,1) foram estáveis. A proporção do sexo feminino foi decrescente (APC = -1,5; IC95% -2,3 – -0,8). As proporções de casos multibacilares a partir de 2005 até 2012 (APC = 1,4; IC95% 0,6 – 2,3) e, dentre eles, de casos virchowianos a partir de 2004 até 2012 (APC = 6,0; IC95% 3,4 – 8,6) foram crescentes. Houve estabilidade na proporção de casos com grau 1 (APC = 1,4; IC95% -0,9 – 3,7) e grau 2 de incapacidade (APC = 3,7; IC95% -0,1 – 7,8). Apesar da tendência à redução na detecção geral, mantém-se a dinâmica de transmissão no município, além de sinalizar para diagnóstico tardio.